从事细菌战研究的机构和人数是极其庞大的.其中最著名的就是关东军第７３１部队和长春满洲第１００部队.

    ７３１部队又称作关东军防疫给水部,总部设在哈尔滨东南郊平房镇.内设８个部、４个支队、１个所,拥有３０００多名日本医学博士、教授、专家和技术人员,有据可考的博士、教授１５名,将校军官５０名,尉级军官６００名.

    ７３１部队内部的各个部门的分工十分明确.８个部的职责分别是:第一部为细菌研究部,菊地少将任部长.该部下设从事鼠疫苗研究的"高桥班"、从事病dú研究的"笠原班"、从事细菌传播媒介物昆虫研究的"田中班"、从事冻伤研究的"吉村班"、从事赤痢研究的"江岛班"、从事霍乱研究的"凑班"、从事病理研究的"岗本班"和"石川班"、从事血清研究的"内海班"、从事伤寒研究的"四部班"、从事结核研究的"二木班"、从事yào理研究的"草味班"、从事立克次氏体（包括跳蚤）研究的"野口班"、从事细菌对人传染适应xìng研究的"川上班"（仅存在４个月,因川上技师病死而停止）.第二部为细菌实验部,太田澄大佐兼任部长.这个部除用动物和活人进行细菌试验外,还通过"八木泽班"从事植物病dú研究和传染试验;设置了"石井"动物饲养班繁殖细菌传播媒介物的分部;在正黄旗三屯西南城子沟设立了临时实验场,在安达镇东３５华里的鞠家窑附近设置了特别实验靶场,还有为细菌实验服务的"航空班"、"无线电班"和"气象班".第三部为防疫给水部,江口中佐任部长.这个部设在哈尔滨市内宣化班,是在原"加茂部队"旧址上重新组建的.它辖有滤水品制造厂和在杨马架子建立的细菌瓷弹壳制造厂.它在制造滤水器的掩护下,秘密生产土陶制成的"石井式"细菌弹壳.同时,它还在７３Ｉ部队本部所在地平房设置了各类小型细菌武器的研制、生产场所.此外,为整个７３１部队服务的"运输班"归该部领导.第四部为细菌生产部,川岛清少将任部长.该部下设两个分部,每个分部按照各自的分工独立进行各类细菌的制造,由柄泽班、有田班、胡北奈班、山谷班和山口班完成从细菌繁殖到细菌武器装配的全套工序.第五部是总务部,部长初期由中留中佐任,后期由太田澄大佐兼任.该部是７３１部队的中枢部门,下设调查课,包括秋贞班、调查班、庶务班、兵要地志班、照相班、印刷班、电报室、图书室、邮政所;管理课,包括劳务班、工务班、建设班、庶务课,包括动力班、酒保、食堂、宿舍等,还有人事课、会计课、企画课、标本陈列室.它的权力很大,不仅负责整个部队的文秘、人事、财务、计划、后勤和劳工管理等工作,还负责与宪兵队联系和接收供做细菌试验用的受试者.第六部是训练教育部,部长初期由园田大佐任,后期由西俊英中佐接任.下设卫生兵教育队、特种人员训练队、少年队等.这个部专门培训从事细菌研究、细菌生产、细菌实验和使用细菌武器的专业人员.第七部是器材供应部,由大谷少将任部长.下设第一仓库、第二仓库、兵器库、菌苗血清库等.它除了负责器材设备的贮存与供应外,还担负实验用的动物的运输和各类菌苗、疫苗的贮存任务.第八部是诊疗部,永山大佐任部长.设诊疗部、日本军人家属医院,负责对日本人的疾病的预防和治疗.此外,还有一个与各部平行的管理监狱的"特别班".它由石井四郎的二哥石井刚男负责.

    ４个支队的职责分别是:林口支队,又称１６２支队,设在林口镇和古城镇之间,拥有日本研究人员２２６名,神原秀夫少佐任支队长.孙吴支队,又称６７３支队,设在孙吴镇的西山,拥有日本研究人员１３６名,西俊英中佐兼任支队长.海拉尔支队,又称５４３支队,设在海拉尔市西南１．５公里处,拥有日本研究人员２２６名,加

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