1864年2月28日，湘军攻占了紫金山巅的天保城。3月2日，曾国荃部进驻太平门、 神策门外，完成对天京的合围。曾国荃部合围金陵之后，曾于3月14日用云梯攻城，但未得逞。4月开始，在朝阳、 神策、金川门外挖掘地道十余处，准备轰塌城墙，太平军一面组织力量从城内对挖，进 行破坏，一面构筑月城，以便城墙轰塌后继续组织对抗。

    1864年4月，张宗禹﹑任柱等和陈得才﹑赖文光等部太平军在河南内乡会师,欲东下救援太平天国都城天京；被僧格林沁所率清军困阻于鄂皖边界。时天京已陷，陈得才于兵败后服毒自杀，所部纷纷投降，张宗禹﹑任柱与赖文光突围。

    1864年5月11日，常州失陷，太平军守将陈坤书被俘牺牲。自此淮军与金陵湘军联络畅通无阻也。

    1864年6月1号，太平天国失败后，遵王赖文光和梁王张宗禹等将余部太平军和捻军合并为联军。赖文光被推为首领。以太平军军制重新整编，重组捻军。赖文光正式授予捻部各将太平天国新王号；新捻军采用灵活机动的战术，易步为骑，奔驰豫﹑鲁﹑苏之间，声势复振。逐渐变为一支约十万余人的骑兵部队。

    太平军离开淮河沿岸后，清军将领胜保乘机向捻军发动进攻，第一个目标就是三河尖。三河尖周围河渠纵横，捻军跨河而阵，清军步骑兵不易展开，难于强攻。胜保便实行围困战法，控制通向三河尖的水陆通道，强令居民提前割麦，并在出产硝磺的地区设卡稽查，严禁出境，以断绝捻军的粮弹接济；同时，实行政治攻势，瓦解捻军士气。捻军坚守了六十余日，终因粮弹不济，于六月十六日撤出三河尖，沿淮河东下正阳关。其后，由韩奇峰率部驻守正阳关，张宗禹、龚得树则率部转移至霍丘。

    1864年6月1日，洪秀全在多日以野草充饥后病逝，终年51岁。幼天王洪天贵福继位，一切军政事务统归忠王李秀成执掌。7月3日，湘军攻占天京城外最后一个据点地保城（即龙脖子），从而能够居高临下， 监视城内动静。湘军在龙脖子山麓修筑炮台数十座，对城内日夜轰击，压制太平军的炮火，掩护挖掘地道。同时，在龙脖子山麓与城墙间大量填塞芦苇、蒿草，上覆沙土，高与城齐，为攻城铺平道路。半个月后，湘军攻城准备基本完成。

    李秀成见湘军攻城在即，于7月18日深夜，选派千余人伪装湘军，冲出城去，企图 破坏太平门附近的地道，结果被湘军识破，只得退回城内。7月19日晨，湘军担任主攻任务的部队齐集太平门外。中午，湘军用地雷轰塌城墙。湘军蜂拥而入。太平军纷纷以枪炮还击，虽给敌人以重大杀伤，但没能挡住湘军的攻势。与此同时，湘军水师各营会同陆师夺取了水西、旱 西两门，傍晚前后，天京全城各门均为湘军夺占。7月19日天京失守，随后清军屠城，许多平民百姓被杀，其惨况无可描述。 湘军攻破天京后太平军放火烧城，湘军在大肆抢劫后也到处纵火。

    李秀成于19日晨自太平门败退后，即回到天王府，独带幼天王，由数千文武护送， 奔向旱西门，企图由此突围出城，结果为湘军陈湜部所阻，只得转上清凉山。入夜，折回太平门，伪装湘军从缺口冲出，向孝陵卫方向突围。不久，李秀成与幼天王失散，便分道奔逃。李秀成在方山附近被俘。8月7日，在写完供词后，被曾国藩杀害，年仅40岁。城内守军与入城湘军展开巷战，大部战死，一部分自焚，10余万人没有一个投降的。

    李秀成、洪仁玕护送幼天王突围。李秀成让好马给幼主，混乱中与幼主失散，于同月22日在南京城外方山被俘，亲书供状数万字后（《李秀成自述》），于8月7日被曾国藩处死。

    1864年7月29日，突围至广德的幼天王洪天贵福被湖州太平军守将黄文金

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